医療報酬債権ファクタリングとは、ファクタリング事業者が医療機関が国民保険や社会保険から受け取る診療報酬債権を手数料を徴収して買い取り、その医療機関に代わって代金を回収することを言います。通常、医療機関が報酬を受け取ることができるのは2カ月くらい先のことになりますが、この方法であれば社会保険や国民保険へのレセプト提出期限から最短5日程度で通常は報酬の80％程度から手数料を引いた額を受け取ることができます。なお、残りの20％については、ファクタリング会社が譲渡を受けた債権を社会保険又は国民保険から支払いを受けた後に支払いを受けることができます。デメリットとしては、手数料が高いこと、また、これを中止した場合中止した月は報酬が20％しか入らない月が出てくるので、その月の資金繰りについてのめどをつけるまでは中止することが難しいなどの問題があります。

しかし、医療報酬債権は回収がほぼ確実な優良な資産であることから、担保や連帯保証人などを必要とせず、比較的審査もゆるいことが多いため、様々な要因により金融機関からの融資を得ることが難しい場合であっても、これを利用して資金を調達することが可能になります。急きょ資金を必要とする場合などにも、資金調達の一つの方法として選択肢を増やすことができます。なお、ファクタリングを利用する場合ファクタリング会社が債権譲渡を受けるので、債権譲渡の登記をすることが必要です。